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Article sur la pêche

ADN environnemental: un bon coup de filet pour l'étude des poissons

ADN environnemental: un bon coup de filet pour l'étude des poissons

L'analyse du matériel génétique en suspension dans l'eau est une méthode rapide et fiable pour le suivi des communautés de poissons.

La sensibilité des méthodes d'analyse de l'ADN a atteint un degré tel qu'il est possible de réaliser un suivi fiable des communautés de poissons dans un plan d'eau grâce au matériel génétique en suspension qui s'y trouve. C'est la conclusion qui s'impose à la lecture d'une étude publiée dans Environmental DNA par une équipe dirigée par le professeur Louis Bernatchez, du Département de biologie et de l'Institut de biologie intégrative et des systèmes.

À l'instar des enquêteurs de police qui utilisent l'ADN trouvé sur une scène de crime comme outil d'investigation, les biologistes ont créé au cours des dernières années des méthodes pour identifier les espèces présentes dans un plan d'eau à partir de l'ADN qu'ils trouvent dans l'environnement (ADNe). «Dans le cas des poissons, cet ADN provient des cellules qui se sont détachées de leur peau, précise le professeur Bernatchez. Comme ce matériel génétique est dégradé après quelques jours, sa présence signifie que l'espèce d'où provient ce matériel génétique se trouvait sur les lieux le jour-même ou dans la semaine précédant l'échantillonnage.»

Ce tour de force scientifique aurait été inimaginable il y a 20 ans à peine, mais jusqu'à quel point sa fiabilité se compare-t-elle à celle de l'approche classique, qui consiste à capturer les poissons à l'aide de filets? Pour répondre à cette question, les chercheurs ont mis à l'essai les deux méthodes dans le bassin hydrographique de la rivière Rupert, à la baie James. Hydro-Québec effectue un suivi régulier des communautés de poisson de ce plan d'eau depuis que des travaux de dérivation y ont été réalisés.

Pour comparer les deux approches, les chercheurs ont d'abord prélevé deux échantillons d'eau dans 17 stations de suivi établies par Hydro-Québec. Ils ont ensuite déployé des filets pendant 24 heures. L'identité des espèces qui se sont prises dans les filets et leur abondance ont servi à dresser le profil des communautés locales de poissons.

Les quelque 11 millions de séquences d'ADN contenues dans les échantillons d'eau ont permis d'établir que 20 espèces de poissons étaient présentes dans ce milieu. Les captures à l'aide de filets ont relevé la présence de 10 espèces seulement. «L'ADNe donne donc un portrait beaucoup plus complet de la biodiversité de ces milieux», constate Louis Bernatchez.

Pour ce qui est de l'abondance, il est difficile de conclure qu'une approche est supérieure à l'autre étant donné que la «bonne réponse» est inconnue. «Le portrait dépeint par l'ADNe semble toutefois plus réaliste étant donné que le nombre de poissons proies est plus grand que le nombre de poissons prédateurs, ce qui n'est pas le cas avec les captures au filet», signale le chercheur.

« Contrairement aux captures faites avec des filets, l'ADNe n'entraîne aucune mortalité chez les poissons. On peut donc l'utiliser sans crainte dans des milieux où se trouvent des espèces rares, menacées ou en voie de disparition. »
 Louis Bernatchez

À la lumière de ces résultats et de ceux de nombreuses autres études portant sur la question, l'ADNe est en voie de s'imposer comme une méthode fiable, rapide et économique pour effectuer le suivi de certaines populations animales, résume Louis Bernatchez. «Je suis d'ailleurs membre d'un comité de la Canadian Standard Association dont les travaux visent à établir les normes et les protocoles qui devront être suivis par les firmes de consultants qui offrent des services faisant appel à l'ADNe.»

L'ADNe présente un autre avantage qui peut devenir très précieux dans certaines situations, fait valoir le professeur Bernatchez. «Contrairement aux captures faites avec des filets, l'ADNe n'entraîne aucune mortalité chez les poissons. On peut donc l'utiliser sans crainte dans des milieux où se trouvent des espèces rares, menacées ou en voie de disparition.»

Les auteurs de l'étude parue dans Environmental DNA sont Damien Boivin-Delisle, Martin Laporte, Éric Normandeau et Louis Bernatchez, de l'Université Laval, Frédéric Burton, d'Englobe Corp., et René Dion, d'Hydro-Québec.

Source: ULaval Nouvelles

Crédit photo: ULAval Nouvelles - Wikimedia Commons / Jik Jik

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